舌咽神经痛手术治疗应用最广泛的手术治疗方法是舌咽神经和迷走神经上段神经根切除术和微血管减压术。
颅内神经根切除术此是最常用的手术方式。Dandy于1927年首次报告经后颅窝入路行舌咽神经切除术，行颅内探查手术前，必须首先排除导致舌咽神经痛的继发性因素。最常见的就是Eagle‘s综合征，其过长的茎突或钙化的茎突舌骨韧带压迫神经从而引起舌咽神经痛。
微血管减压术Jannetta于1977年首先应用微血管减压术治疗舌咽神经痛取得了非常好的效果。压迫舌咽神经的血管常是小脑后下动脉，同时也会压迫迷走神经根。但从影像和术前很难确定小脑后下动脉是否压迫迷走神经根，只能在经后颅窝人路手术探查中才能确定是否存在这种异常。此人路术者能直接观察到后颅窝内动脉血管以确定神经痛症状是否与血管压迫有关，从而决定是否将压迫血管从舌咽神经和迷走神经上段中分离开来。Matsushima等首次报告l例经骸窝人路(transeondylarfossa approach)血管减压术治疗血管压迫导致的舌咽神经痛患者，术后效果良好且没有出现严重并发症。这种侧人路手术方式比传统的经裸侧枕下人路更安全有效，术中可以更清楚地观察到舌咽神经的池状部分且不易损伤小脑半球。Sampso等的一项随访研究显示大多数微血管减压术的舌咽神经痛患者术后10年仍然保持无疼痛复发。近年内窥镜血管减压术成为舌咽神经减压术的新方法。Cheshire报告内窥镜手术的3年内成功率为93%，年复发率为3.5%。
蛛网膜粘连松解术导致舌咽神经痛的蛛网膜粘连可以切断或分离，Fukuda报道这种方法可以有效减轻舌咽神经痛，比行神经根切除或毁损创伤更小、更安全。
经CT介导下行三叉神经束一核毁损术舌咽神经传人纤维在脑桥处加人三叉神经的下降支，在此毁损可阻止舌咽神经痛的传导通路。Kanpolat等应用此方法治疗6例舌咽神经痛患者取得了良好效果。
