根据疼痛发作的特点和部位，舌咽神经痛不难确诊。有疑问时可用4%可卡因涂布咽部，如疼痛缓解，对本病确诊则有意义。据统计，可卡因试验的正确率为89.6%。结果阴性者，如临床症状典型，不能除外本病的诊断。
原发性舌咽神经痛需与以下疼痛进行鉴别：
1．三叉神经痛
三叉神经第支痛易与舌咽神经痛混淆。但三叉神经痛时，疼痛部位在舌前部而非舌根，通常累及下颌神经的分布区，不向外耳道放射，疼痛触发点在下唇、颊部或舌尖等处。必要时可做可卡因试验或用普鲁卡因局部封闭三叉神经第Ⅲ支，以资鉴别。
2．喉上神经痛
喉上神经乃迷走神经的分支。该神经疼痛可单独存在，也可与舌咽神经痛伴发。疼痛发作常起自一侧的喉部，该处常有显著压痛，如在该区行局麻，往往疼痛暂获缓解，可以鉴别。
3．中间神经痛
为一侧耳部剧痛，发作时间较长，常伴外耳道或耳廓疱疹，有时可引起周围性面瘫。各别不典型者仅表现为耳痛，与单纯表现为耳痛的舌咽神经痛不易区别。有人认为，对这种患者行手术治疗时除切断舌咽神经根外，还需同时切断中间神经根，以确保治疗效果。
4．继发性舌咽神经痛
疼痛常为持续性，有阵发性加重，无触发点。检查中可见患侧有某种舌咽神经功能障碍（如舌咽部感觉和舌后部味觉减退、咽反射迟钝、软鄂运动无力等）或其他阳性神经体征，以及有局部病变发现（如鼻咽部肿瘤），必要时可作特殊辅助检查，如头颅CT扫描、摄颅底或颅骨片等。
